Sau khi Nguyễn Hoàng xuống phía Nam đã xây dựng căn cứ và phát triển thành một thế lực độc lập, hình thành chính quyền của họ Nguyễn. Tuy các chúa Nguyễn vẫn hợp tác với chúa Trịnh để chống nhà Mạc và vẫn đứng danh nghĩa là thần tử nhà Lê, nhưng thực tế các chúa Nguyễn vẫn cai trị các tỉnh biên giới phía Nam Đại Việt với một chính quyền độc lập. Hơn thế nữa, họ đã có công mở rộng lãnh thổ Đại Việt lên gấp đôi về phía Nam. Sau khi đánh bại nhà Mạc, sự độc lập của các chúa Nguyễn ngày càng trở nên khó chịu đối với các chúa Trịnh.

Những sự căng thẳng lên đỉnh điểm năm 1627 khi chiến tranh nổ ra giữa hai phe. Trong khi phe chúa Trịnh kiểm soát một vùng rộng lớn và đông dân cư hơn, thì chúa Nguyễn lại có nhiều ưu thế. Thứ nhất, họ chỉ muốn bảo vệ lãnh thổ của mình, họ không muốn tấn công miền bắc. Thứ hai, chúa Nguyễn có thể lợi dụng ưu thế về các tiếp xúc của mình với những người châu Âu, đặc biệt là những người Bồ Đào Nha, để mua các loại súng hiện đại của châu Âu. Thứ ba, điều kiện địa lý cũng ưu đãi cho họ, đất đai phẳng vốn thích hợp cho những quân đội được tổ chức lớn lại hiếm có ở lãnh thổ của họ, nơi núi non hầu như lan ra đến tận biển.

Chúa Nguyễn xây dựng hai giới tuyến rất vững chắc kéo dài vài dặm từ biển đến tận các ngọn đồi ở phía bắc thành Phú Xuân. Họ đã bảo vệ hai giới tuyến này chống lại nhiều cuộc tấn công của các chúa Trịnh. Trong thời gian từ 1627 đến tận 1672, hai bên giao chiến cả thảy 7 lần. Năm 1655, quân Nguyễn thắng thế vượt sông Gianh đánh Nghệ An, chiếm 7 huyện và mang theo nhiều dân cư ở đây vào khai khẩn trong nam. Năm sau quân Trịnh phản công chiếm lại.

Năm 1672, hai bên đình chiến, Tây Định Vương Trịnh Tạc và Hiền Vương Nguyễn Phúc Tần lấy sông Gianh làm ranh giới chia cắt Việt Nam. Đất nước bị chia ra thành Đàng Trong - Đàng Ngoài bởi hai gia đình cai trị. Tuy vậy, hai bên cùng mang danh nghĩa là quan nhà Hậu Lê, giúp vua Lê cai quản đất nước nên cả Đàng Trong, Đàng Ngoài vẫn đều được coi là lãnh thổ của Đại Việt.